2014年10月，科技部公布了入选第二批国家临床医学研究中心的9家医院名单，长海医院消化内科成功入选，由此成为国内3个消化疾病国家临床医学研究中心之一，长海医院也成为沪上第二家获批国家临床医学研究中心的单位。
为进一步加强医学科学创新体系建设，提升临床研究能力，打造一批临床医学与转化研究的高地，国家科技部、国家卫生计生委和总后勤部卫生部于2012年7月共同启动了国家临床医学研究中心的建设计划。继2013年8月确定了首批13家，今年再次确定了第二批的9个国家临床医学研究中心。其中消化病临床研究中心有20余家单位申报，经过两轮评审，最终确定了3家单位。
国家消化系统疾病临床医学研究中心负责人、长海医院消化内科主任李兆申教授指出，长期以来，国内医学研究存在“重基础、轻临床”的现状，缺少高质量的循证依据，消化病临床研究中心的设立，将有助于改变这一现状，有利于开展多中心、前瞻性的临床研究，解决临床迫切需要解决的问题。2014年10月27日，科技部社发司生物医药处在北京举行了工作布置会，希望国家临床医学研究中心通过建设协同研究网络，站在国家层面，开展重大、疑难疾病的多中心研究，把原来做不了的做到（如需要多中心开展的研究），把原来做不好的做好（如原来临床研究质量不高），协同网络要发挥提高质量、优化运行、高效转化、降低成本的作用。
今后，该中心将协同全国40余家单位，重点搭建胰腺疾病、慢性肝病和胃肠早癌研究协同网络，联合二、三级医院和基层医疗机构，协同开展疾病防控研究，以新的组织模式和运行机制加快推进相关疾病的诊治。
上海长海医院简介：
上海长海医院为第二军医大学第一附属医院，是医疗特色鲜明、综合实力强劲的现代化大型综合性医院。创建于1949年7月，始称华东军区人民医学院附属医院，1951年7月改称第二军医大学附属医院，1958年9月建制为第二军医大学第一附属医院。医院占地23.4万平方米，建筑面积68万平方米，医院下辖一个中医系、57个科室，展开床位2100张，1993年医院首批评为三级甲等医院，1999年荣膺“全国百佳医院”称号，先后被评为全国“支援西部地区医院工作先进单位”，全军“思想政治建设先进单位”、“医院文化建设先进单位”、“为部队服务先进医院”、“创先争优全军试点单位”，连续第16届被评为“上海市文明单位”，在上海市医疗行业“万人问卷调查”中连续6年位居上海市第一。
医院医疗服务特色鲜明，拥有亚洲一流水平的门急诊大楼，全球最先进的达芬奇手术机器人系统，综合技术最先进的消化内镜诊疗中心，沪上首台640层动态容积CT以及新型PET/CT分子影像技术设备，全球最先进的立体定向放射治疗设备。自主研发具有知识产权的国产室间隔缺损封堵器、世界上首创的“孙氏输尿管镜”、全球首台可定位遥控的胶囊内镜机器人，赢得世界喝彩，服务千百万患者。2013年医院门急诊总量首次突破300万人次，医疗发生额突破30亿，手术4.69万例次，出院人数8.86万人次，平均住院日7.8天。
医院学科人才积淀丰厚，现有中国工程院院士1名，专家教授253名，其中一级教授4名，二级教授2名，三级教授7名，博士生导师67名，硕士生导师102名，拥有硕士学位授权点46个、博士学位授权点42个，博士后流动站3个，是国家执业医师资格考试临床实践技能类考试基地、上海市住院医师规范化培训全科临床基地，全国、全军护理优质服务示范医院、临床药理基地。现有国家临床医学研究中心1个,国家级重点学科15个，国家卫生部临床重点专科5个，全军医学专科研究所（中心）18个、重点实验室2个，全军或上海市护理示范基地10个，上海市重点学科1个、医学重点学科2个、临床医学中心2个、专业质控中心7个、示范学科1个，胰腺疾病和前列腺疾病诊疗团队入选“国家教育部创新团队”。
医院科技创新成就斐然，“十一五”以来，医院共获得“973计划”、“863计划”、全军科研重大项目、国家自然科学基金等各类科研项目1156项，经费超过5.99亿元；获省部级以上科技成果170项，其中国家科技进步一等奖1项、二等奖以上成果11项、何梁何利科技与进步奖3项；发表SCIE收录论文1809篇，总影响因子5194.795分。创办了《中华胰腺病杂志》、《中西医结合学报》、《药学服务与研究》、《Journal of Interventional Gastroenterology》四本学术期刊。
医院每年组织的国际学术会议多大30余次，承办第15届世界胃肠病大会、国际泌尿外科学术大会、胰腺大会、腔内血管学大会、东方脑血管大会、东方呼吸病论坛、国际世界华人消化内科大会、国际肛肠周等都成为本领域最高水平的国际学术会议。同时，与美国威克森林大学、斯坦福大学、克利夫兰医学中心、英国剑桥大学、加拿大麦吉尔大学、新加坡中央医院等20多个国家的知名医疗机构建立高水平科技合作关系，极大提升了医院国际交流平台和学术品牌影响力，彰显了长海“大院、名院、强院”的良好形象。
消化内科每年完成各类消化内镜诊疗8万余例次，居全国综合医院领先水平，ERCP及EUS的例数均超过3000例/年，居国内第一位。每年完成胶囊内镜和小肠镜超过300例，居国内领先水平。国内独家开展胰管结石的体外震波碎石术，累计完成5000余例次，达到国际领先水平。